Budynek, w którym dzisiaj mieści się Muzeum to dawny klasztor cystersów. Wznoszono go etapami. Najpierw w 1571 r. zbudowano podpiwniczone skrzydło zachodnie. Do ok. 1650 r. powstały niepodpiwniczone skrzydła północne i południowe.

Na końcu w latach 1678-1684 wzniesiono niepodpiwniczone skrzydło wschodnie. Po sekularyzacji dóbr kościelnych na Śląsku w 1810 r. obiekt kupił hrabia Leopold Gotard Schaffgotsch. W latach 1834-1945 mieściła się tutaj Biblioteka Majoracka. Od 1950 do 2009 r. były tu magazyny i pralnia Uzdrowiska Cieplice. W latach 2010-2013 przeprowadzono remont i adaptację obiektu na cele muzealne.

Muzeum utworzono w 1954 r. jako Muzeum Przyrodnicze w Cieplicach Śląskich Zdroju (do 1976 r. Cieplice były samodzielnym miastem). Powstało ono na bazie Muzeum w Cieplicach Śląskich, które funkcjonowało od 1945 r.,  po likwidacji niemieckiego Muzeum (istniało od 1920 r. przy Bibliotece Majorackiej Hrabiów Schaffgotschów w Cieplicach (Warmbrunn) utworzonej w 1733 r.)
W latach 1949-1953 wywieziono z Cieplic większość najcenniejszych zbiorów (księgozbiór, militaria, dzieła sztuki, wyroby rzemiosła i preparaty przyrodnicze). Z tego co zostało utworzono Muzeum, które mieściło się do 1967 r.  w tzw. Długim Domu. Później placówkę przeniesiono do Pawilonu Norweskiego w Parku Norweskim, gdzie funkcjonowało do 2013 r.
Od 2013 r. siedzibą Muzeum Przyrodniczego e Jeleniej Górze jest część północna zespołu pocysterskiego w Cieplicach, w której do 1948 r. funkcjonowała Biblioteka im. J.S.Bandtkego (wcześniejsza Biblioteka Majoracka). Południową część zajmuje Kolegium Zakonu pijarów.
Od 2014 r. budowane są tutaj wystawy stałe, historyczne, dotyczące przede wszystkim Cieplic i Schaffgotschów oraz ekspozycje przyrodnicze. Muzeum przyrodnicze w Jeleniej Górze jest jedynym tego typu samodzielnym muzeum w Polsce.
Stałe ekspozycje: 1. Wystawa plenerowa "Mikroświat 2. Wystawa plenerowa uli figuralnych pt. "Pasieka Karkonoska" na posesji Muzeum przed wejściem głównym. 3. Wirydarz klasztorny 4. Stała prezentacja malowideł naściennych, na parterze Muzeum, przedstawiających fragmenty z żywota św. Bernarda z Clairvaux, pt. „Barokowe freski w cieplickiej prepozyturze klasztoru cysterskiego w Krzeszowie fundacji opata Bernarda Rosy z 1689 roku". 5. Wystawa stała pt.: "Naturalny skarbiec Karkonoszy i Kotliny Jeleniogórskiej" (parter) 6. Wystawa stała pt.: "Historia Cieplic, klasztoru i uzdrowiska" (parter) 7. Wystawa stała pt.: "Klasa Przyrodnicza" 8. Wystawa stała pt.: "Schaffgotschowie i ich zbiory" 9. Wystawa stała pt.: "Rogi i poroża" 10. Wystawa stała pt.: "Barwny świat ptaków" (pierwsze piętro) 11. Wystawa stała pt.: "Tajemniczy świat grzybów" (pierwsze piętro) 12. Wystawa stała pt.: "Niesamowity świat owadów" (pierwsze piętro) 13. Wystawa stała pt.: "Taki był Skarbiec Śląska" (pierwsze piętro) 

Galeria zdjęć:

Źródło: Muzeum Przyrodnicze w Jeleniej Górze

Informacje organizacyjne dla wycieczek szkolnych: